Güemes nació el 8 de febrero de 1785, en Salta, en lo que era el Virreinato del Río de La Plata. Fue criado en una familia acomodada, donde su padre fue designado tesorero de la Real Hacienda en la intendencia de Salta del Tucumán, mientras que su madre, de origen jujeño y pertenecía al Clan de los Infinitos, que otorgaba cargos políticos y posesiones.
En su adolescencia, se alistó en el Regimiento Fijo de Infantería, que tenía un destacamento en Salta. Luego, en 1805 fue enviado a Buenos Aires para defender la ciudad de la invasiones inglesas en 1806 y 1807, donde tuvo una gran actuación en batalla. Durante el primer asedio inglés, Güemes vio que un barco había encallado por la bajante del río, entonces con la caballería abordó el navío y lo capturó.
Luego de las dos invasiones, Miguel cayó enfermo y ocurrió la muerte de su padre y regreso a Salta. Posterior a su recuperación, formó parte del Regimiento de Infantería y teniente del Cuerpo de Granaderos, creado por el virrey Liniers.
En 1810, la Primera Junta ordenó la primera expedición al Alto Peru, Güemes comando una vanguardia en la Quebrada de Humahuaca, impidiendo la comunicación entre contrarrevolucionarios y realistas. Además participó de manera destacada en la Batalla de Suipacha, pero tuvo que retirarse de la zona tras la derrota en Huaqui. Luego, en 1812 Güemes y sus regimientos recuperaron Tarija, que luego de la victoria consiguieron un gran botín, pero fueron obligados a retroceder debido al avance español.
Luego de liderar la vanguardia en la tercera expedición al Alto Peru, Güemes regresó a Salta y se convirtió en gobernador hasta 1821, donde tras tanta Guerra Gaucha e invasiones realistas, falleció el 17 de junio, tras una herida de bala provocada 10 atrás y una larga agonía.