El club peruano tiene 115 años de historia y eso lo convierte en uno de los clubes más antiguos del fútbol sudamericano, pero además es recordado por la hazaña lograda en 2003 y posteriormente en 2004: le ganó ni más ni menos que a River Plate en la segunda edición de la Copa Sudamericana, lo cual lo llevó a ser el primer (y único) equipo peruano de la historia hasta hoy en día en ganar un título internacional de Conmebol y un año después también ganó la Recopa Sudamericana de ese mismo año ante Boca Juniors.
El equipo dirigido en aquel entonces por Freedy Ternero comenzó su camino tras ganar en la eliminatoria de play-off ante un grande peruano como Alianza Lima al cual derrotó como local por 1 a 0 y luego repitió ese resultado en la vuelta. En la siguiente instancia se enfrentó a Universidad Católica (Chile) al golearlo en Cusco 4 a 0 y luego, tras perder 3 a 1 sacó provecho de la diferencia de gol. Luego se dio el lujo de dejar afuera al Santos de Robinho, a quien luego de sacarle un empate como visitante en tierras paulistas, lo derrotó en su estadio por 2 a 1 con goles de Germán Carty, goleador del equipo en la Copa. En las semifinales venció en ambos encuentros a un Atlético Nacional de Medellín que venía entonado por dejar en el camino a Boca Juniors, con un 2 a 1 en el Atanasio Girardot con tantos de Carty y Maldonado, y el 1 a 0 en condición de local, alcanzó la tan ansiada final. En la llave definitoria, su rival fue River Plate y el primer partido era en el Estadio Monumental donde hubo una gran cantidad de público «millonario» y apenas un puñado de hinchas de Cienciano ubicados en la Centenario Alta. Giuliano Portilla abría la cuenta para el equipo peruano pero rápidamente empató Maxi López, quién también a los 5 minutos de comenzar el segundo tiempo, marcó el 2-1 para River; Carty, la carta de gol de los peruanos, volvió a igualar el encuentro, Portilla puso al equipo visitante nuevamente arriba y sobre el final, el chileno Salas puso cifras definitivas al marcar el 3 a 3 final.
Tras empatar como visitante, llegó la hora del duelo definitorio en el Estadio Universidad Nacional de San Agustín, en la ciudad de Arequipa ante 45.000 personas, donde a los 78 minutos Carlos Lugo convirtió el gol con el que el Cienciano se consagró campeón de la Copa Sudamericana del año 2003. Un hecho histórico para la historia del fútbol peruano que hasta hoy en día nunca más lo repitió ningún otro equipo.
En el año 2004 se daría otro lujo, tras ganarle a River, se enfrentaría por la Recopa Sudamericana al clásico rival del equipo que venía de derrotar, Boca Juniors. Esta final se jugó con la particularidad de que fue a único partido disputado en el Estadio Lockhart de la Ciudad de Miami (Estados Unidos). Carlos Tevez marcó para el conjunto argentino y Rodrigo Saraz para los peruanos, el partido fue directo a los penales donde tras errar el colombiano Vargas y Tevez para Boca, Cienciano se consagró como campeón de la Recopa Sudamericana.
Hoy vive otra realidad:
Trece años después de esa hazaña las cosas cambiaron rotundamente para el club peruano, hoy en día milita en la 2da división de aquel país. Muchos de esos héroes actualmente se encuentran retirados y de algunos se desconoce de su paradero.
Oscar Ibáñez: ex arquero de Cienciano es el entrenador de porteros en la Selección de Perú; Santiago Acasiete: el marcador central es uno de los pocos jugadores que actualmente siguen ejerciendo la práctica del fútbol y el único que sigue jugando para Cienciano; Julio García: hace tres años sufrió un accidente automovilístico y se encuentra en recuperación, previo a ese hecho, jugaba para Cienciano luego de pasar por otros clubes a préstamo; Germán Carty: el goleador del equipo en aquella Copa Sudamericana con 9 tantos se encuentra sin club, con 48 años su último registro en el fútbol es en el Atlético Minero de Perú; Cesar Cahuantico: actualmente se encuentra retirado luego de jugar para el Atlético Minero en el 2014, después de retirarse de la actividad futbolística, estuvo preso en el penal de Qencoro ubicado en Cusco. Fue condenado luego de que se lo procesó por sus vínculos con un grupo de delincuentes que asaltó al local del club donde jugaba y se llevó el dinero para pagarle a sus compañeros; Carlos Lobaton: actual mediocampista de 36 años del Sporting Cristal, a donde llegó luego de su ciclo en Cienciano. Uno de los pocos jugadores del ciclo dorado de Cienciano que permanecen en alta competitividad; Daniel Gamarra: el uruguayo era el único extranjero de aquel plantel de Cienciano y que hoy tiene una Academia de Fútbol propia; Freedy Ternero: luego de lograr 2 títulos con Cienciano fue convocado para dirigir a la Selección de Perú en el 2005, donde tuvo su segundo ciclo después de lograr el 4° puesto en la Copa América de 1997. Tras su segundo paso en la Selección con muy poco éxito, se volcó directamente en la política donde fue alcalde del distrito de San Martin de Porres tras participar en las elecciones municipales como candidato del Partido Democrático Somos Perú. Sus periodos como alcalde fueron de 2007 a 2010 y 2011 a 2014. El año pasado falleció en la ciudad de Lima.
Luego de ganar dos estrellas a nivel internacional, un tiempo más tarde lo lograría en el ámbito local al ganar su primer torneo de Primera División, tras vencer a Univesitario.
Hoy se encuentra jugando en la segunda división del fútbol peruano y como todo equipo que desciende, arrastro años de malas gestiones que lo llevaron a perder la categoría. A fines de 2008 y 2009 fue decayendo en la tabla de posiciones. Un año después, el decaimiento se produjo en lo económico, en aquel entonces estuvo muy cerca de perder la categoría pero tras vencer por 2 a 1 a Alianza Atlético se salvo del descenso.
Posteriormente con un presupuesto muy bajo que lo llevó a recurrir en jugadores de las inferiores obtuvo 12 puntos en el campeonato del 2011 que lo dejaron en la octava posición sin posibilidad alguna de clasificarse a una copa internacional para el año siguiente.
El 2015 fue el año donde se produjo el éxodo del club que lo condenó a descender, luego de una pésima campaña teniendo tres entrenadores distintos en los últimos campeonatos, eso se sumó a una crisis económica que golpeó al club. Este descenso se hubiera evitado si la Comisión de Justicia del Fútbol Profesional no le quitaba los 16 puntos mediante una resolución la cual fue rechazada mediante una propuesta de los dirigentes del Cienciano, la cual no se aceptó y así se decretó la baja del conjunto peruano de la Primera División.
Santiago Leoni, Gonzalo Méndez, Rodrigo Piergiovanni y Diego Papagno, 2do B TT.